1994年在原南京医学院临床医学系基础上正式组建命名。 第一临床医学院起源于1934年创建的江苏省立医政学院（南京医科大学前身）医科,后改称医疗系。

省实验教学示范中心4个，毕业生就业率96%以上、执业医师考试一次性通过率在全国居于前列。“十三五”期间获省部级重点（规划）教材立项5部。学院、有国家临床教学培训示范中心1个、医院是国家级大学生校外实践教育基地，省级精品课程（教材）5门， 在全国高等医学院校大学生临床技能竞赛中屡获佳绩。